Extenzivně rezistentní Acinetobacter baumannii v České republice: populačně genetická struktura a mechanizmy rezistence ke karbapenemům a aminoglykosidům

• Název práce v češtině: Extenzivně rezistentní Acinetobacter baumannii v České republice: populačně genetická struktura a mechanizmy rezistence ke karbapenemům a aminoglykosidům
• Název v anglickém jazyce: Extensively resistant Acinetobacter baumannii in the Czech Republic: population genetic structure and mechanisms of resistance to carbapenems and aminoglycosides
• Klíčová slova: Acinetobacter baumannii, aminoglykosid, genotypizace, karbapenem, epidemický klon, epidemiologie, antibiotická rezistence
• Klíčová slova anglicky: Acinetobacter baumannii, aminoglycoside, genotyping, carbapenem, epidemic clone, epidemiology, antibiotic resistance
• Akademický rok vypsání: 2017/2018
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D., Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 15.03.2018
• Datum zadání: 16.03.2018
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 05.09.2018
• Oponenti: doc. MVDr. Oto Melter, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Acinetobacter baumannii je jedním z hlavních bakteriálních původců nemocničních infekcí postihujících zvláště kriticky nemocné pacienty v intenzivní péči. Jeho klíčovou vlastností je schopnost efektivně vyvíjet a integrovat rezistenci ke všem léčebně využitelným antibiotikům. WHO proto uvádí A. baumannii jako nejproblematičtější mikroorganizmus ve smyslu aktuální potřeby vývoje nových antimikrobních látek (Lancet Infect Dis 2018;18:318). Cílem diplomové práce je získat obraz o povaze multirezistence u současné nemocniční populace A. baumannii v České republice s důrazem na beta-laktamy a aminoglykosidy, které jsou hlavními skupinami antibiotik v nemocniční léčbě. Studovány budou molekulární mechanizmy rezistence ve vztahu k populačně genetickým vlastnostem izolátů s cílem definovat způsoby šíření nejvýznamnějších forem rezistence. Práce budou realizovány v Laboratoři bakteriální genetiky (Státní zdravotní ústav, Praha) s využitím souboru izolátů z let 2016-2018 a zavedených metodik (konvenční vyšetření citlivosti, druhová identifikace pomocí MALDI-TOF MS, genotypizace izolátů pomocí makrorestrikční analýzy genomové DNA, detekce a mapování genů pomocí PCR atd.).

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Acinetobacter baumannii is one of the main bacterial pathogens causing hospital-acquired infections, especially in critically ill patients in intensive care. Its key feature is the ability to effectively develop and integrate resistance to all therapeutically relevant antibiotics. Accordingly, WHO lists A. baumannii as the most problematic microorganism in terms of actual need to find new antimicrobials (Lancet Infect Dis 2018;18:318). The aim of this thesis is to gain information about the nature of multidrug resistance in the current hospital population of A. baumannii in the Czech Republic, with emphasis on beta-lactams and aminoglycosides, which are major groups of antibiotics used in hospitals. Studied will be molecular resistance mechanisms in relation to the population genetic properties of isolates, with the aim to assess the epidemiology of the most important forms of resistance. The thesis will be conducted in the Laboratory of Bacterial Genetics (National Institute of Public Health in Prague) using a collection of isolates from 2016-2018 and established methods (conventional susceptibility testing, species identification using MALDI-TOF MS, genotyping of isolates with macrorestriction analysis of genomic DNA, gene detection and mapping using PCR etc.).