Role WSS1 proteasy v DNA reparačních procesech kvasinkové buňky.
| Název práce v češtině: | Role WSS1 proteasy v DNA reparačních procesech kvasinkové buňky. |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Role of yeast WSS1 protease in DNA repair. |
| Klíčová slova: | Wss1, Ddi1, poškození DNA, oprava DNA, proteasa, kvasinky |
| Klíčová slova anglicky: | Wss1p, Ddi1p, DNA damage, DNA repair, protease, yeasts |
| Akademický rok vypsání: | 2017/2018 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Klára Grantz Šašková, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem |
| Datum přihlášení: | 09.11.2017 |
| Datum zadání: | 09.11.2017 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 29.04.2019 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 07.06.2019 |
| Oponenti: | RNDr. Michal Čáp, Ph.D. |
| Předběžná náplň práce |
| Zachování integrity DNA je pro každý žijící organismus kritické. Prokaryota i eukaryota si proto vyvinula celou řadu opravných mechanismů DNA, kterých se účastní vysoce konzervované proteiny, přičemž poruchy v těchto opravných procesech mohou u člověka zapříčinit celou řadu zhoubných onemocnění. K ochráncům integrity DNA přibyly nedávno proteasy, které opravují kovalentní adukty DNA-protein. Typickým příkladem těchto proteas je kvasinková metaloproteasa WSS1, aktivovaná genotoxickým stresem a vázající SUMO. Další proteasou, která se pravděpodobně účastní DNA opravných mechanismů, je proteasa DDI1, jejíž funkci zkoumá laboratoř školitelky. Dvojitý knock-out WSS1 a DDI1 genů vykazuje silný růstový defekt. Ten se ještě výrazně zesiluje při aplikaci jistého typu genotoxického stresu. Jaká je tedy funkční úloha WSS1 za těchto podmínek? Je pro ni kritická proteasová aktivita, případně jaké další domény jsou důležité? A jaké jsou substráty WSS1?
Michael Adámek se pokusí najít odpověď na tyto otázky během vypracování své diplomové práce. Naučí se základním i pokročilým technikám molekulárního klonování, dále práci s kvasinkovou kulturou (růstové eseje, tzv. spot dilution assay), komplementační experimenty a v neposlední řadě také proteomické techniky pomocí hmotnostní spektrometrie. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| To sustain the integrity of DNA throughout the lifetime is critical for each living organism. Many DNA repair processes evolved in both prokaryotic and eukaryotic organisms, employing highly conserved proteins. Defects in the repair pathways underlie numerous human diseases. A recent discovery of DNA damage repair pathway uncovered DNA-protein crosslink proteases as novel guardians of the genome. Such an example of these proteases is the yeast WSS1, a SUMO-targeted metalloprotease activated by genotoxic stress. Another protease that is likely a member of the family DNA repair enzymes is DDI1, a protein extensively studied in Saskova laboratory. WSS1/DDI1 double knock-out in yeast shows strong growth defect that is amplified after application of certain type of genotoxic stress. What is the molecular function of WSS1 under these conditions? Is WSS1 proteolytic activity necessary? What are the functions of individual domains? And what are WSS1 substrates?
Michael Adamek will seek answers to these questions while working on his Master thesis. He will learn basic as well as advanced molecular cloning techniques, work with yeast culture (such as growth assay, spot dilution assay), phenotype complementation assay and last but not least proteomic assays by mass spectrometry. |