Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí

• Název práce v češtině: Komplexy miRNA s cílovou RNA sekvencí
• Název v anglickém jazyce: miRNA complexes with the target RNA sequence
• Klíčová slova: RNA, miRNA, Ramanova spektroskopie, UV absorpce, tání nukleových kyselin
• Klíčová slova anglicky: RNA, miRNA, Raman spectroscopy, UV absorption, melting of nucleic acids
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 04.11.2016
• Datum zadání: 04.11.2016
• Datum potvrzení stud. oddělením: 10.01.2017
• Datum a čas obhajoby: 18.09.2018 09:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 20.07.2018
• Datum odevzdání tištěné podoby: 20.07.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 18.09.2018
• Oponenti: Mgr. Václav Římal, Ph.D.
• Konzultanti: RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D.

Zásady pro vypracování

1. Osvojit si techniky měření UV absorpce a Ramanova roptylu zředěných roztoků biomolekul.
2. Seznámit se se současnými výsledky studia interakce miRNA s cílovou sekvencí LCS1 a s jejími strukturními modely za různých podmínek pomocí metody SPR.
3. Navrhnout sérii RNA oligonukleotidů pro spektroskopická měření a podílet se na zajišťování a přípravě vzorků.
4. Navrhnout a realizovat sadu měření spekter Ramanova rozptylu a UV absorpce směsí interagujících RNA oligonukleotidů v závislosti na teplotě a koncentraci
jednomocných nebo dvojmocných kationtů.
5. Zpracovat výsledky měření a provést jejich detailní analýzu se záměrem objasnění specifické funkce vícemocných iontů při stabilizaci komplexů miRNA s cílovým
segmentem mRNA.

Seznam odborné literatury

W. Saenger, Principles of nucleic acid structure, Springer, Berlin 1988
V.Prosser a kol., Experimentální metody biofyziky, Academia, Praha 1989 (vybrané cásti)
E.R.Malinowski, Factor analysis in chemistry, Wiley-Interscience, New York 2002
Vybraný soubor původních vědeckých prací.