Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR

• Název práce v češtině: Charakterizace interakce proteinu DDI2 pomocí NMR spektroskopie
• Název v anglickém jazyce: Characterizing DDI2 protein interaction by solution NMR
• Klíčová slova: ubikvitin-proteasomový systém, ubikvitin, interakční partneři,poškození DNA
• Klíčová slova anglicky: ubiquitin-proteasome pathway, ubiquitin, interactome, DNA damage
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Klára Grantz Šašková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 14.10.2016
• Datum zadání: 14.10.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 18.08.2019
• Datum proběhlé obhajoby: 05.09.2019
• Oponenti: prof. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Student vypracuje rešerši na téma funkční charakterizace lidského Ddi2 proteinu ve vztahu k několika interakčním partnerům. Experimentálně se zaměří na hledání interakčních partnerů lidského Ddi2 a jeho jednotlivých domén pomocí metod afinitní chramatografie spojené s hmotnostní spektrometrií. Rekombinantně připraví případné interakční partnery a bude ověřovat a charakterizovat jejich vazbu s Ddi2. Naučí se metodám jako je afinitní chromatografie, hmotnostní spektrometrie, SPR (z angl. Surface plasmon resonance) či NMR.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Student will focus on functional characterization of human Ddi2 protein with respect to its interating partners. He will search Ddi2 and its individual domains interactome via affinity pull-down/MS/MS method. He will recombinantly prepare several of them and characterize their interaction with Ddi2. He will learn methods such as affinity chromatography, mass spectrometry, SPR (surface plasmon resonance) or NMR.