Navrhovaný doktorský projekt bude zaměřen na využití DNA metod pro analýzu bioarcheologických nálezů. V průběhu řešení projektu se zaměříme zejména, avšak nikoliv výhradně, na analýzu mikrobiomu ze zubního kamene u středověkých kosterních nálezů s cílem porovnat zejména mikrobiální společenstva v ústní dutině středověké městské a vesnické populace. Řešená problematika je součástí rozsáhlého výzkumu, který tyto dvě populace porovnává. Vzhledem k nutnosti vývoje a implementace nových metodických přístupů, bude součástí doktorského studia obecně vývoj metodik pro analýzu a vlastní analýza patogenních i nepatogenních mikrobů a virů v historických materiálech. Studie je financována v rámci projektu GA ČRGB14-36938G: Sředověká populace v centru a na venkově. Archeologie, bioarcheologie a genetika na pohřebištích Pražského hradu, středních a východních Čech.