Kořenový systém a jeho vývoj v souvislosti s geny skupiny AHL

• Název práce v češtině: Kořenový systém a jeho vývoj v souvislosti s geny skupiny AHL
• Název v anglickém jazyce: Root system and its development with focus on AHL gene family
• Klíčová slova: kořeny, vývoj, AHL18, Arabidopsis
• Akademický rok vypsání: 2015/2016
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Aleš Soukup, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 08.10.2015
• Datum zadání: 08.10.2015
• Konzultanti: Mgr. Ivan Kulich, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Architektura kořenového systému a funkčně anatomické parametry jeho jednotlivých komponent jsou klíčové pro interakci rostliny s půdním prostředím. Architektura kořenového systému a zastoupení jeho částí tak určuje schopnost rostliny získávat minerální živiny a vodu, ale také odolávat nepříznivým podmínkám jako jsou sucho, zasolení, nebo přítomnost toxických látek v rhizosféře.
Navrhovaná práce je zaměřena na hledání nových regulačních elementů tvorby a růstu postranních kořenů huseníčku (Arabidopsis). Bude proto využita kolekce ”gene-trap” linií vybraných během forward screeningu hledajícího expresní vzorce zasažených genů, související s postranními kořeny a jejich vývojem (spolupráce Joseph Dubrovsky, IBT UNAM, Mexiko).
Identifikace kandidátních genů v genomu bude provedena pomocí TAIL PCR. K následné charakterizaci funkčních vlastností využijeme inzerční mutanty z veřejně dostupných zdrojů (SAIL, SALK, GK, etc.), nebo overexpresi či interferenční modulaci aktivity dotčeného genu. Pro sledování fenotypového projevu budou využity metody umožňující kvantifikaci změny morfologie kořenového systému rostlin pěstovaných na agarových plotnách in vitro a pokud se to ukáže jako žádoucí, tak i v dalších kultivačních podmínkách (hydroponie, aeroponie). Dále budou na úrovni pletiv a buněk využity metody světelné mikroskopie (fluorescenční, konfokální, DIC, projasněné kořeny, atd). Pro tvorbu konstruktů budou využity vybrané techniky molekulární biologie (klonování, transformace Arabidopsis, využití reportérových genů v translačních i transkripčních fúzích) v kombinaci s adekvátními zobrazovacími technikami.