Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie

• Název práce v češtině: Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
• Název v anglickém jazyce: Improved determination of DNA duplex stability by using UV spectroscopy
• Klíčová slova: DNA, UV absorpce, tání duplexu, faktorová analýza
• Klíčová slova anglicky: DNA, UV absorption, duplex melting, factor analysis
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 18.10.2011
• Datum zadání: 25.10.2011
• Datum potvrzení stud. oddělením: 12.12.2011
• Datum a čas obhajoby: 19.06.2012 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 25.05.2012
• Datum odevzdání tištěné podoby: 22.05.2012
• Datum proběhlé obhajoby: 19.06.2012
• Oponenti: RNDr. Eva Kočišová, Ph.D.
• Konzultanti: Mgr. Barbora Profantová, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Rešení práce bude vyžadovat splnení následujících dílčích úkolů:
1. Seznámit se s základními principy absorpcní spektroskopie.
2. Obeznámit se s konstrukcí a obsluhou UV spektrometru.
3. Udelat rešerši publikovaných doporučení pro stanovování termodynamických parametrů při
rozpadu duplexu DNA (změna enthalpie a entropie) z UV absorpčních merení.
4. Provést měření teplotních závislostí UV absorpčních spekter vybraných selfkomplementárních
úseků DNA při různých koncentracích a provést faktorovou analýzu získaných spektrálních sérií.
5. Určit termodynamické parametry na základě klasického přístupu i pomocí fitu koeficientů
z faktorové analýzy a porovnat přesnost a robustnost obou přístupů.

Seznam odborné literatury

1. W. Saenger: Principles of nucleic acid structure. Springer, New York 1984
2. V. Prosser a kol.: Experimentální metody biofyziky. Academia, Praha 1989
3. M.G. Gore: Spectrophotometry and spectrofluorimetry. Oxford Univ.Press, New York 2000

Předběžná náplň práce

Standardní určování parametrů stability dvojšroubovice DNA je založené na sledování teplotní závislosti
absorbance při jedné vlnové délce (260 nm). Moderní spektrometry umožňují měřit poměrně přesně celá spektra.
V naší laboratoři jsme zjistili, že při aplikaci faktorové analýzy lze získat údaje nejen o změnách celkové absorbance,
ale i o jemných změnách tvaru spektra, které v sobě nesou novou informaci o procesu teplotně indukovaného rozpadu
duplexu. Cílem bakalářské práce je zjistit, do jaké míry může tento nový přístup zpřesnit určované termodynamické parametry,
které jsou klíčovými údaji například při testování nových chemoterapeutik na bázi modifikovaných analog krátkých úseků
nukleových kyselin.